全域国土综合整治项目的立项流程需遵循“规划引领、统筹实施、严格监管”原则，具体步骤如下：

一、立项主体与责任

县（市、区）人民政府是项目实施主体，负责组织自然资源等部门编制实施方案，并报省级备案。需成立由县级政府主导的跨部门协调机制，统筹整合财政资金、社会资本等多元化投入。

二、立项条件与前期准备

实施单元要求

以2个及以上相邻完整行政村为基本单元，整村或整乡推进；优先选择整治需求迫切、群众基础好的区域，确保连片推进。

规划衔接

需与国土空间规划、村庄规划同步编制，明确“三生”空间优化布局；涉及永久基本农田调整的，需同步提交《永久基本农田调整方案》并通过省级论证。

负面清单筛查

禁止违背农民意愿搞合村并居、破坏生态红线、变相占用永久基本农田等情形；新增耕地面积需≥原有耕地的5%，永久基本农田调整后质量与布局需提升。

三、方案编制与申报

材料提交

包括整治区域矢量图、资金预算、村民意见（2/3以上同意）、权属调整方案等；需提供《村庄规划调整方案》《永久基本农田调整方案》及相关部门意见。

初审与上报

市级自然资源部门组织初审，形成排序名录表后报送省级；涉及跨区域或重大工程的，需省级统筹协调。

四、评审与备案

省级竞争性评审

省级自然资源部门组织专家对方案的科学性、合规性（如耕地占补平衡、生态保护）进行论证；重点审查永久基本农田调整是否超5%、资金平衡方案是否可行。

备案与实施

通过评审的项目准予备案，纳入省级项目库；县级政府下达立项总批复，自然资源部门对子项目不再重复立项。

五、注意事项

资金保障：需明确财政配套、社会资本参与等资金筹措方案，确保项目资金平衡；公众参与：需通过村民会议、公示等程序保障农民知情权与监督权；动态调整：确需变更控制性指标的，需经市级审查后报省级备案。

通过以上流程，可实现耕地保护、生态修复与乡村振兴的协同推进。具体操作中需结合地方政策细化，例如湖北省要求项目区集中连片面积不低于5000亩，河南省则通过“投资人+EPC”模式吸引社会资本参与。