农业综合开发设计的核心依据可分为法律法规政策、规划标准、项目基础条件、可持续与生态要求四大类，具体如下：

1. 国家级法律法规与核心政策文件
   以《中华人民共和国预算法》为上位法依据，严格遵循《国家农业综合开发资金和项目管理办法》（2016修订版、2025沿用版）的要求，同时落实《国务院办公厅转发财政部关于加强农业综合开发工作若干意见的通知》《农业综合开发区域生态循环农业项目指引(2017-2020年)》等专项政策中关于建设任务、投入机制、扶持范围的规定。
2. 规划与行业标准体系
• 顶层规划：需符合农业发展中长期规划、国家农业综合开发政策、区域水资源利用总体规划、节水灌溉发展规划、粮食生产核心区建设规划、土地利用整体规划等。
• 行业标准：执行《国家农业综合开发土地治理项目建设标准》等专项标准，例如平原地区格田规模、农田防护林网控制率、人工造林成活率等均有明确量化要求。
3. 项目前期基础材料与要求
• 项目储备：需从符合要求的项目库中择优选择，项目库入库需达到项目建议书标准，且经过2/3以上农户签字同意或村民代表大会通过。
• 可行性要求：基于具备相应资质单位编制的可行性研究报告，覆盖水土资源评价、技术可行性、经济合理性、筹资方案、效益预测等核心内容，且通过农发机构组织的专家评审。
4. 可持续发展与生态红线要求
   遵循农业综合开发“三类区域”开发管控要求：资源环境承载力强的区域重点开发，承载力有限区域保护性开发，生态脆弱区域限制开发；同时项目需符合生态环境保护和资源节约利用要求，生态循环类项目要求秸秆/粪便等循环利用率≥90%。
5. 地方配套规定
   需符合省级农发机构制定的本地区农业综合开发具体政策、发展规划，以及地方出台的相关条例（如已废止的《河南省农业综合开发条例》）中关于项目管理、开发原则的要求。