全域土地整治中，农用地整治首要解决的核心问题是耕地碎片化问题，相关依据和政策导向如下：

国家层面政策明确，针对农村地区耕地碎片化问题，统筹实施农用地集中连片整治、质量提升和生态化改造，推动实现布局优化，助力农业现代化建设，这是农用地整治的核心任务之一。多地出台的实施意见也将耕地碎片化作为农用地整理的首要针对问题，提出统筹实施农用地集中连片整理，推动优质耕地集中连片，促进“小田变大田”，探索林耕置换，优化永久基本农田布局。实践层面，浙江桐乡濮院镇等试点区域通过农用地整理，将原本东一块西一块、面积大的不过一两亩、小的不足一分的碎片化耕地，通过打造“万亩千方”农业集聚、建设高标准农田等措施，解决了碎片化带来的规模化经营难题，实现了水稻亩产1730斤、亩均效益近1万元的成效。

除核心的耕地碎片化问题外，农用地整治还需同步解决耕地数量不足、质量偏低、生态功能退化等关联问题，最终实现耕地数量、质量、生态“三位一体”保护。