农业综合开发设计完整编制流程严格遵循《国家农业综合开发资金和项目管理办法》等法定要求，按前期准备→申报评审→初步设计→计划审批→实施验收5个阶段推进，具体如下：

一、前期准备阶段

规划与项目库建设：各级农发机构依据农业发展中长期规划、国家农发政策，制定本地区总体规划及阶段性开发方案，建立土地治理、产业化经营两类项目库，入库项目需达到项目建议书深度。项目建议书编制：项目申报单位编制项目建议书，土地治理类需包含开发必要性、范围规模、治理措施、投资估算、效益预测、农民筹资投劳计划等内容；产业化类需包含建设条件、市场分析、建设方案、财务评价等内容，经2/3以上农户签字同意或村民代表大会通过后，实地考察合格可存入项目库。可行性研究报告编制：拟扶持项目需编制可行性研究报告，土地治理类需包含水土资源评价、建设方案、投资筹措、综合效益等内容；产业化类需增加环境影响评价、农民增收效果评价等内容，由具备相应资质单位或专家编制。产业化项目可将项目建议书与可研报告合并编制。

二、申报评审阶段

项目申报：申报单位在上年度申报下年度项目，提交项目申请及可研报告等材料，对材料真实性负责。土地治理项目需符合规划、地块集中连片、群众积极性高等要求；产业化项目需符合产业政策、区域特色明显、示范带动性强等要求。评审与公示：省级或市级农发机构组织评审，对项目建设必要性、技术可行性、经济合理性进行综合评估，择优确定拟扶持项目和资金数额，通过媒介向社会公示，公示期不少于7日（涉密内容除外）。

三、初步设计（实施方案）编制阶段

编制要求：拟扶持项目确定后，实施单位组织编制初步设计，核心内容包括项目总体设计、主要建筑物设计、设备购置计划、配套设施设计、工程概算、现状图与工程设计图等。土地治理项目：需委托具备农业综合开发生态工程乙级及以上、水利行业丙级及以上等资质的单位编制，县级农发机构牵头，联合乡镇、村代表、设计人员实地勘测，设计初稿需征求群众意见后修改完善。产业化项目：由实施单位自行审定后报县级农发机构备案；无工程建设内容的项目，可用评审通过的可研报告或项目建议书替代。审批/备案：土地治理项目初步设计由省级或设区的市级农发机构审定；产业化项目报县级农发机构备案。

四、年度实施计划编制阶段

地方各级农发机构根据初步设计审定/备案情况，编制、汇总年度项目实施计划，包含投资任务汇总表、效益汇总表等内容，由省级农发机构批复后报国家农发办备案，同步抄送财政部驻当地监察专员办事处。

五、实施与验收阶段

项目实施：按年度实施计划推进，土地治理项目严格执行招标投标、政府采购、工程监理、公示制；产业化项目由实施单位自行实施，实行资金和项目公示制，建设期一般为1-2年。竣工验收：土地治理项目竣工后，实施单位检查初步设计完成情况，编报竣工决算，由省级或设区的市级农发机构组织验收。

流程简化规则

财政资金投入较少的项目、贴息项目，可简化设计程序。小型土地治理项目技术简单的，经主管部门同意可在简化初步设计后直接开展施工图设计。