根据相关政策规定，全域土地综合整治中可以申请调整永久基本农田，但需遵循严格的条件和程序，确保耕地数量不减少、质量有提升、生态有改善。具体如下：

调整原则

数量不减少：新增永久基本农田面积不得少于调整面积的5%。质量不降低：调整后的永久基本农田质量总体应高于调整前。生态有改善：结合农田水利设施、防护林建设等提升生态功能。布局优化：集中连片程度提高，保持总体稳定。

调整程序

方案编制：由市县自然资源和农业农村部门编制调整方案，报市县政府论证。审核报批：方案需经省级自然资源和农业农村部门审核同意。验收备案：实施后通过验收，更新永久基本农田数据库并报省级备案。

限制要求

调整规模原则上不超过所涉乡镇永久基本农田划定面积的5%。不得以优化布局为名占用优质耕地，严禁随意调整永久基本农田。

综上，全域土地综合整治允许调整永久基本农田，但需严格符合政策要求并履行法定程序，最终目标是实现耕地保护和土地集约利用的双重效益。