根据相关法规和设计规范，初设阶段收费系统设计主要适用于收费公路。具体如下：

一、收费系统适用的公路类型

收费系统（收费设施）属于交通工程及沿线设施中的管理设施，其设置与否取决于该公路是否为收费公路。根据《收费公路管理条例》《公路法》等规定，可以依法收取通行费的公路包括：

县级以上政府交通主管部门利用贷款或集资建成的公路国内外经济组织受让收费公路收费权或依法投资建成的公路

具体到技术等级和规模，符合条件的收费公路主要有：

高速公路（连续里程30公里以上，城市市区至机场的高速公路除外）一级公路（连续里程50公里以上）符合条件的长大独立桥梁、隧道等

二、各类公路收费系统的设置特点

1. 高速公路（最主要的适用对象）
收费系统设计规范主要针对高速公路。JTG D80-2006《高速公路交通工程及沿线设施设计通用规范》专门规定了收费设施的设计要求，包括收费车道宽度（3.2m）、收费亭地下专用通道、收费天棚、收费系统计算机网络与软件平台、联网收费结算模式等。

初步设计阶段，收费设施设计内容包括：收费方案及系统构成（收费制式、收费中心/分中心、收费站、收费信息传输、设备供电、防雷接地、收费软件、收费土建工程等）、系统功能、软硬件技术性能指标、机房设计要求、分期实施方案。

2. 其他封闭式收费公路（一级公路等）
满足收费条件的一级公路等封闭式收费公路也可设置收费站。按规定，封闭式收费公路除两端出入口外，一般不得在主线上设置收费站。

3. 非封闭式收费公路
非封闭式收费公路同一主线上，相邻收费站间距不得少于50km。

三、收费系统的联网要求

按规定，高速公路以及其他封闭式收费公路应当实行计算机联网收费。收费系统计算机网络由收费中心、收费分中心、收费站各局域网及其构成的广域网组成，采用统收统分或按费率拆分等结算模式。

四、需要说明的要点

收费标准：收费公路的收费标准由省级物价部门会同财政部门制定审批：收费公路设置收费站须报省、自治区、直辖市人民政府审查批准二级及以下公路原则上不得收费（中西部连续里程超60公里的二级公路经批准除外）

总的来说，初设阶段收费系统设计主要适用于高速公路及符合法定条件的其他收费公路（如封闭式一级公路、符合条件的桥梁隧道等），其中高速公路是收费系统设计规范的核心适用对象。